O sub-projeto Manejo comunitário das águas e programas públicos é resultado de parceria entre UFLA, UFMG, UFU, CEFET/Inconfidentes, por um lado, e a Cáritas Diocesana de Januária, agência vinculada à Linha 2/CNBB, com histórico de atuação comunitária na região do Alto-Médio São Francisco. O objetivo central do sub-projeto é pesquisar a situação das águas em oito comunidades rurais de agricultores familiares ao longo do rio dos Cóchos, investigando os manejos comunitários das águas, as práticas tradicionais de conservação das fontes, a relação entre disponibilidade de água, produção agrícola familiar e alternativas na escassez. Detalhadamente se propõe-se a:
1. Analisar estratégias reprodutivas das famílias de agricultores para lidar com a escassez de água, investigando: Disponibilidade de água para consumo familiar e produtivo, buscando estimar a disponibilidade de água para as famílias rurais, suas principais fontes e principais pontos de estrangulamento; Estratégias produtivas das famílias visto ser o sistema de lavoura tradicional baseado no plantio das áreas inundadas, a questão que se coloca é: quais são os arranjos produtivos, ambientais, econômicos, sociais e alimentar que as famílias construíram para lidar com a escassez da água; Pesquisar conflitos familiares, comunitários e inter comunitários por água e como esses conflitos foram geridos pelas comunidades e organizações envolvidas.
2. Pesquisar as alternativas de organizações sociais que as comunidades do rio dos Cóchos construíram para superar as dificuldades relacionadas à água, em particular: Articulações com organizações públicas ou da sociedade civil, redes de apoio e de mediação que as comunidades rurais do rio dos Cóchos construíram e quais seus principais resultados e dificuldades para solucionar a questão da água. Identificar programas e políticas públicas relacionadas às águas e à sua gestão na Sub-bacia do rio dos Cochos e analisar impactos.